惠民药局始源于北宋熙宁九年在京城开封设置的太医局熟药所，又称修和卖药所，委派官员监制和销售成品药，是官办药局的创始。
政和四年熟药所改称医药惠民局，金朝时亦仿照宋朝制度设立惠民局。
至元代，惠民药局受太医院督管，体制更加完备，设立规模也随之扩大。
惠民药局自宋金元三代以来，其制度得到了很大的发展和完善，其设立区域和规模也扩大了，对解决和保障贫民的医药问题起了一定的作用。
朱元璋建立明朝之后，沿袭前代制度，设立惠民药局。
救济贫困病患、预防瘟疫蔓延颇为古代的统治者所重视，所以创立之后就被一直延续。
北宋时期，王安石变法，按照当时新法中“市易法”的规定，药品的贸易必须由政府控制，经营药品是国家专利，不允许任何人私自制作或经营任何药品。
北宋时期的药局卖药的同时，还配有医官，为病人诊断并提供处方，看医用药十分便利，颇受百姓欢迎。
到了南宋时期，统治者偏安东南，军事实力较弱，但社会经济仍然很发达，依旧重视惠民药局的建立。
而每逢疫情肆虐，朝廷就会令惠民药局派出医官携带药品，走街串巷，上门诊治，给散汤药，以免疫情蔓延。
在瘟疫暴发期间，惠民药局实行通宵服务，日夜都有专职人员值班，要是“夜民间缓急赎药，不即出卖”，按“从杖一百科罪”。
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