后来崇祯皇帝自己也渐渐明白过来了，并开始不断调整朝廷的格局，包括对东林党的打压。可惜崇祯皇帝的政治手段相比天启皇帝差得太远，而且他这个人本身就有性格缺陷，刚愎自用性格过急，再加上优柔寡断又多疑善变，尤其是他刻薄寡恩，还有他的政治眼光也是不成，国家在他手上非但没有好转，反而越发糟糕。
朱慎锥在当宗室的时候就仔细了解和分析过大明的政治格局，对目前大明的政治结构进行过深思。等到他同样以靖难的方式成为皇帝后，朱慎锥就着手一步步改变这些格局，从而解决这些问题。
在朱慎锥看来，朱元璋设置的政治结构大方向没什么问题，可后来所发生的一系列变化也是朱元璋根本想不到的。不过此一时彼一时，现在的大明早就不是当初的大明了，而且整个世界格局也发生了巨大变化，假如直接恢复朱元璋时期的政治格局在目前并不合适，而且之后形成的格局情况也已延续了两百多年，如要废除重新调整不仅难上加难，更会引发诸多问题。
所以最终朱慎锥还是采取了循序渐进，一步步调整的方式。他首先就是进一步完善大明的监察体系，在之前大明的监察体系从结构来说没什么问题，关键问题在于这个监察体系实际名存实亡，已沦为文官集团用来攻击政治对手的工具罢了，而没有了原本的职能。
从这方面入手是最便利的，不仅能重建监察体系，更能借此压制住包括东林党在内的各党文官集团，从而使得这把利刃握在皇帝的手中。在完成监察体系的整顿后，就势调整朝堂的结构，这点朱慎锥花了几年时间逐步完成，其中还经历了江南案这样的大案，更下狠手处置甚至杀了不少人。
此外，就是扶持勋贵和宗室的问题了，相比文官集团勋贵和宗室显然天然亲近于皇室，毕竟他们一个是与国同休的勋贵，另一个本就是皇室的旁支是自家亲戚。他们的荣华富贵来自于大明王朝，一旦大明王朝没了，那么他们所拥有的一切也全成为了云烟。
而文官集团却不同，固然有不少忠臣良臣对大明忠心耿耿，可也有不少为了自身利益和家族考科举当官的，后者的人数远多于前者，别看他们表面上如何大谈特谈所谓的忠义，可实际上背后的龌龊却是不少，事实也是这样，在原本历史上随着大明王朝的崩塌后，这些文官中投敌的不在少数。
用《三国演义》中的一段，也就是鲁肃劝孙权不能投降曹操的那段话，鲁肃告诉孙权其他人都可以投降唯独他孙权万万不能投降，因为其他人投降了曹操依旧可以在曹操那边做官，对于这些人来说只不过换了个地方继续保全自己的身份地位和荣华富贵罢了。
但孙权却不一样，孙权是主公，他一旦投降的话下场会是如何呢？难不成曹操会把位置让出来给孙权坐？这个道理是显而易见的，而孙权也正是因为听明白了鲁肃的劝告，从而彻底醒悟，坚定了要和曹操决战的信念，这才有后来赤壁大战和三分天下的结局。
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