随后，莫天赐发布了更加细致的皇帝诏令，按照诏令，日本国被分为四大部分，也就是四个行省。
其中九州岛改称蓬莱岛，四国岛改称方丈岛，两岛合为一省，称蓬莱省，以长崎为省府。
由萨摩藩家老，儒家近思录派首领桦山久吉为蓬莱巡抚，刚刚从上校晋升为少将的浙江人林天彪为蓬莱水陆提督，负责镇守。
倭国的中国地区，也就是日本本岛的最西边为瀛洲省，省府放在广岛，以儒家阳明派首领西衣成斋为瀛洲巡抚，陆军少将，苏淞镇总兵蓝元枚为瀛洲水陆提督。
剩下关西、近畿等地，主要是大阪所在的大阪平原、名古屋所在的尾浓平原等地，为朝日行省。
省府因为京都基本被烧的只剩一小块了，于是以大阪为省府，由莫天赐自己亲自坐镇，元从近卫的三个营以及京营立威军在此驻扎，作为镇守倭国的主要军力。
剩下的关东以及东北地区，设扶桑行省，以江户为省府，命田沼意次为东暨大将军司马，扶桑总督，管理所有军政要务。
剩下的北海道虾夷岛，则直接与库页岛一起，划归吉林将军府管辖。
对于倭国的具体行政，所有的大名按照石高，实行从顺义王到忠顺侯的六等镇藩划分。
原本属于德川家的天领，被连根拔起的所谓天皇领地，以及一些没收，改易的土地，由朝廷选派流官镇守，各大名封地不变。
原本倭国律令下的郡国，比如肥前国、丰前国这种，全部废郡国置县，改称肥前县、丰前县。
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