一直以来，广州紧密依靠地处南海航路要冲关联海外，充分利用珠江水道辐射内地，以港口与海外贸易的繁荣，打造城市商圈的发展形态与格局。
明朝的海洋贸易政策一改前朝的开放，实行严厉的海禁。
当时传统的对外贸易港口大部分处于关闭状态，唯有市舶司所在的广州、泉州和宁波三大港口，仍保持对外开放，但也常有罢革现象。
而其中，唯有广州市舶司保持了相对的稳定，其管理的对外贸易范围最广，也最为繁荣兴盛。
明朝洪武三年，明太祖便在广州设立市舶司。
嘉靖二年时，泉州、宁波两市舶司遭到罢撤，独留广州一处管理海外贸易。
朝贡贸易借此而行，民间贸易由此而兴，广州成为全国对外贸易的唯一口岸，长期处于垄断地位。
明朝中后期是海外贸易的转型时期，贡舶贸易目趋衰落，商舶贸易则蓬勃兴起，占据主导地位。并形成一套新的运作机制，包括对贡舶私货和商舶征税，市舶司也从过去只掌管朝贡贸易转而负责市舶管理。
后期在市舶制度逐渐衰落、解体的过程中，“牙行”又应运而生，并发展为专门从事对外贸易的商业团体，成为广州十三行的先驱。
由于航道淤积，商船已很难在广州曾经的外港扶胥港靠岸，因此外港逐渐从扶胥港转移到黄埔洲、琵琶洲一带水域，即从东江口黄埔深水湾的东边向内转移到黄埔深水湾的西边。
黄埔洲和琵琶洲，是珠江水道上的两个小岛，距广州城仅十余里，宋时就已经有中外商船停泊了。
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