每营设领兵官一人，每营两哨，每哨设哨官一人，每哨配备福船二艘、海苍一艘、艨艟二艘。
这样一来，登州水师共五营十哨，拥有大小战船五十艘，官兵三干余人。
平时，除中营专司严守水城基地外，其余四营各以一哨出海巡洋，其余在港内休整训练，亦即常年有四哨二十艘战船在海疆巡防。
明水军编制，在单船之上有「帮」，「每十只为一帮」。
帮之上有「舟宗」，据《明史兵志》记载，「修饬海舟，大小相比，或百或五十联为一舟宗」。
各分属沿海各水寨，每寨至少一腙计有福建五水寨、浙江宁海六总寨、山东莱州八总寨等，全国共计个水寨此外，沿海每百户所和巡检司还各配备战船条，每千户所条，每卫条。
到了隆庆年间，魏广德入阁后，深感山东卫所大量战船分散，故将其中整个登莱附近卫所所有海船全部调入蓬莱水城，这才有了现在的登莱水师，驻泊地为蓬莱水城。
蓬莱水城又称登州水城、登州备倭城，是明洪武九年，为了保护作为海路枢纽的登州城，免遭当时活跃的倭寇和高丽海盗袭击，于是在宋代供战船停泊的刀鱼寨基础上，建造的设施完备的军事要塞。
虽然此时已经有了蓬莱水城，可和后世由右佥都御史、登莱巡抚孙元化打造的蓬莱水城相比，当然还是差上许多。
后世遗留下的蓬莱水城，实际上是在现在基础上进行了大规模改造，除了原本的夯土墙改造为夯土包砖外，部分明初城墙墙体也进行了大规模改造。
甚至，孙元化还在此地摹仿当时欧洲流行的棱堡，建造了部分炮台，使其真正从水城变成了海军基地。
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