此外，明初海运还面临倭寇的骚扰，这种情况下，朝廷先后两次罢黜海运，致力于河运。
早在洪武六年，一些大臣针对海运辽饷失事的事件，建议在北方地区屯田，以减少漕粮调拨，朝廷于是自次年起大力推广屯政，“天下卫所州县军民皆事垦辟”。
随着屯田规模的日渐扩大，洪武二十七年朝廷命辽东、定辽等二十一卫军士，自次年始全部实现屯田自给，“以纾海运之劳”。
到洪武三十年，辽东军饷出现了赢余，朝廷不再需要海运济辽，这才停止向辽东海运漕粮，此即为第一次停罢海运。
海运罢停后不久，永乐元年三月，因北京军储不足，朝廷决定再开海运，命平江伯陈瑄、都督佥事宣信任总兵官，督理海运，负责向辽东和北京两地运送粮饷。
849漕粮海运
对于重开海运，大臣们各抒己见，众说纷纭，但在同年七月，就开启了多条运输航线的尝试。
八月，陈瑄督运粮饷近五万石，由海路至北京、辽东，此次成功鼓舞了朝廷海运漕粮的决心。
需要注意的是，当时的航路是由户部尚书郁新提出了利用卫河水陆转运的办法，河、海兼运的运输方式，两年后，海运漕粮“岁以为常”，最终确立。
不过当时的漕运线路主要有三条：一是江南漕粮海运北上，每年达１００万石，于是在北端的直沽尹儿湾城建百万仓外，又在南端的嘉定县青浦“筑土为山，立堠表识”。
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