奚世亮和李邦光虽然都觉得这些士兵形迹可疑，请求翁时器暂时扣押他们，不过此时翁时器正因为刘显部兵微将寡不敢来援而气恼，怒斥奚世亮、李邦光二人胆小，又安排这几名士卒加入到北门守城士兵中，补充城防兵力不足。
而这一切，正中倭寇奸计。
当夜，几名倭寇奸细就杀死身旁的其他明军士卒，引倭寇在北门城墙上架云梯入城后，快速攻占北城门，当城门洞开之时，兴化府陷落已成必然。
数千倭寇入城之后，很快就击溃救援明军，副使翁时器、参将毕高和通判李邦光得闻府城失陷后，越城而逃。
占领兴化府城后，倭寇烧杀抢掠，府城百姓哀鸿遍野。
刘显接到哨探回报后，只得匆忙提兵救援兴化府，但他们赶到的时候依旧迟了，府城已经被倭寇击破，但此时刘显兵力不足，难以攻城，只得接应城中逃出官员、百姓后无耐退守。
兴化府城被破之后，倭寇屠戮百姓，“贼分守城门，吏民无得脱者”，将“全城焚毁殆尽”，“历六十余日，贼以城中腥秽不堪，乃趋平海”。
署知府奚世亮，莆田知县叶时兰，县学训导卢尧左，指挥张远，鲁师亮，千户张应望皆被倭寇击杀，进士死十七人，举人数十人，秀才数百人，平民百姓不计其数，仅是林兆恩收埋全尸就有三千余人，火化更是达到两万余人。
兴化府新任知府易道潭“闻积尸盈野，竟驻车福清，不敢位任”，直到林兆恩收尸洒道，才敢入城。
兴化府失陷的消息，由刘显和逃出的翁时器分别上报福建巡抚游震得和总督张臬。
得知府城陷落后，巡抚游震得急忙调集福州明军南下救援兴化府，而总督张臬也是震惊无以复加，只得匆匆下令，命刚回到南赣的副总兵俞大猷率兵救援兴化府。
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