朱棣死后，明仁宗洪熙皇帝朱高炽继位，三大殿依旧是一堆废墟。
此时摆在朱高炽面前的问题很明确，三大殿还修吗？
这个问题从表面看是一个工程修复问题，背后却隐藏着国都之争，重建三大殿，意味着继续定都北京，相反，则预示着皇帝将会还都南京。
虽然做皇帝是个新手，但朱高炽一直以太子身份监国，因此他拥有丰富的政治经验。
经过考虑，他决定不重建三大殿而是决定回銮南京，也就是放弃朱棣的方针还都南京，他先令驸马都尉沐昕掌管南京后军都督府，又令太监王桂和郑和领官军镇守南京，还把太子朱瞻基派往南京，下令修葺南京宫殿。
只不过，在最后一步下诏还都前，铁了心要回南京的明仁宗却突然驾崩。
朱高炽驾崩后，即位的是明宣宗朱瞻基，他想遵从父亲的遗愿迁回旧都，但是南京频繁的地震给这位新皇帝留下的印象实在太过深刻。
史载，宣德元年到宣德八年，南京地震三十五次，北京地震五次。
因此，南京密集的地震，使得明朝还都南京的工作被打断，直到朱瞻基驾崩，首都仍在北京。
而这一切，到了正统年间，明英宗朱祁镇正式下诏以北京为京师、南京为留都，至此明朝都城的问题终于解决了，到正统六年，永乐朝被烧的三大殿才终于重建完毕。
只不过在正统十四年时，新建的三大殿再次被雷击起火，好在当时大雨倾盆没有让大殿被付之一炬，工部的工匠加班加点又进行了修复。
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