但现在有了收复小琉球这件事，再加上未来彻底解决辽东问题，那么就算有这么一个污点，后人对他的评价大部分也会是正面的了。这点朱慎锥是知道的，也是故意推动这件事的宣传，从而考虑到未来罢了。
作为功臣的洪承畴，由于他的官职已很高了，而且身为文官洪承畴对于爵位并没任何想法。按照大明的传统，一旦文官封爵等于自绝了仕途，这点从当年王阳明的封爵就能体现出来。
洪承畴目前还有着入阁当首辅的打算了，如果给他一个爵位，对于洪承畴来说绝对不是什么好事。所以考虑再三朱慎锥只能在他的加官上想办法，洪承畴现在是闽浙总督、兵部尚书衔兼副都御史，加太子太师，光禄大夫，已位极人臣，既然立下了如此功劳，那么就直接从三师加封为三公，直接加洪承畴为太师，以示嘉奖。
至于施大瑄等人进行封爵，施大瑄作为主将封二等子爵，再升一级军衔，由镇国将军升定国将军，授澎湖副总兵之职。施琅和洪旭、甘辉三人均有赏赐，钧封一等男爵，此外其余各级军官的嘉奖也没落下，运气好的升官，运气普通的也有其他赏赐。
做完了这些后，朱慎锥顺势拆分了郑氏集团的福建水师，留其部分驻扎在澎湖和小琉球由施大瑄父子指挥，水师和陆军全部整编作为小琉球的驻军。而原本的福建水师改编成南洋海军，暂时依旧以郑芝莞作为提督，同时对其中不少将领进行调动，十几人由南洋海军直接调任北洋海军分别任职，也有从北洋海军调任南洋海军的。至于洪承畴也在其中掺了些沙子，牢牢掌控住了这支军队的控制权，使得郑氏族人在其中的影响力进一步削弱。
另外，对于接下来小琉球的安置也有了考虑，朱慎锥决定趁此机会正式把小琉球纳入大明统治之下，在小琉球设置官府，进行有效统治。
在这种情况，再称其小琉球已不合适了，而用古代的夷州或东番同样不合适。这些名字一听起来就不属于中国之地，反而把它从大明在称呼上分割了出来。所以思来想去，朱慎锥最终还是依照后世的称呼选择了小琉球的另一个名字，就是台湾。
定下了名分，那么就要考虑具体的统治实施。朝廷接下来会在台湾设府，台湾设府后，会在台湾府下设置三个县，这三个县分别是台湾、凤山、诸罗。这点倒和历史上清朝收复台湾后对台湾的行政划分相同。
倒不是朱慎锥没考虑过直接在台湾设省，并在其下设两府和更多的县，可现在的台湾根本不是后世的台湾，整个台湾岛人口并不算多，在台湾的大明人只有区区五万人左右，而且除了在岛上居住和耕作渔猎为生的明人外，还有近六万左右的当地生番，全部人口加起来也不过十一万出头而已。
这么点人普通大明一个大县就比其还多，台湾除目前南部地区尚可，再加上荷兰人统治时期修筑的热兰遮城和安东尼堡为据点，在其周边进行开垦和管理外，其余地方大部分都是人烟稀少甚至还没人涉及的蛮荒区域。
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