双方展开大战，毛承禄虽然能打，可他的部队不多，双拳不敌四手，而且他仓促起兵粮草也不足，很快就战局不利渐渐陷入了重围之中。
最终毛承禄坐困孤城，再也无力抵抗，由部下开城投降，本人被俘。再之后，毛承禄和其部下陈光福、苏有功等一起押解京师，崇祯皇帝下令凌迟处死，此次叛乱这才平息。
先后两次叛乱都和皮岛旧将有关，经历这两次叛乱后皮岛实力大损，毛文龙手下有名的几个将领不是因为卷入叛乱被处死，就是因为叛乱的缘故被边缘化，比如耿仲明就是其中一员，虽然逃脱了和孔有德私下勾结的罪名，但徐宪成却不敢用他，更不敢让他带兵，经过一段时间运作后，徐宪成把耿仲明丢到了河南去，并拆散了他的部属，就算他在河南另有心思，也翻不出浪来。
不光是耿仲明，还有游击将军张焘和其他几个辽将，或安置在湖广，或打发去了福建，就此才解决了山东方面存在的隐患。
不过还有一个人没能解决，那就是广鹿岛的副将尚可喜。
尚可喜在毛承禄起兵叛乱时就是毛承禄的副手，担任水师指挥。叛乱之后，尚可喜带着皮岛水师多次和明军交战，斩获不少。而当明军援军抵达，包围了广鹿岛后，在海上的尚可喜见大势已去直接带着水师头也不回地去投了皇太极。
得知尚可喜来投后，皇太极大喜过望，对尚可喜礼遇有佳，任命他为总兵官，并把他的部队编入了汉军镶蓝旗，还给了一个响当当的称号“天助军”。
尚可喜投敌的消息传到京师，崇祯皇帝气得鼻子都歪了，可是对已经跑到皇太极那边的尚可喜又无能为力，只能憋着心头的这口气怎么都撒不出去。
这时候终于传来了一个好消息，让崇祯皇帝略微高兴了下，这个好消息就是派去山西围剿王嘉胤、高迎祥部的曹文诏打了个大胜仗。
曹文诏到达山西后就着手对义军各部进行围剿，这时候山西西部的义军已成了气候，王嘉胤、高迎祥等部气势如虹，正意图朝山西中部进军。
曹文诏带兵到后先击破已经进入山西中部的一支义军，歼敌千人，俘虏对方头领。
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