为了避免再一次有经抚之争，天启皇帝决定在辽东不再设置经略一职，而是由新设的督师蓟辽来替代。所谓督师蓟辽就是代替皇帝名义督师蓟、辽、天津、登、莱军务，属于中央直接派遣的文官，全权负责这些地方的军政务。
换句话来说，督师蓟辽的权限极大，已经相当于唐朝时期的节度使了，而且大明向来又是文贵武贱，当初王化贞赶和熊廷弼顶着干，除了王化贞背后有人外，还有个关键原因就是熊廷弼虽是进士出身，但他的辽东经略一职实际上是武职，作为文官的辽东巡抚不鸟经略，在文官群体中并不奇怪。
但孙承宗却不同，他身上挂着的职务已是顶尖了，现在又督师蓟辽，手里拥有的权利是之前熊廷弼等人根本不能相比的，从这点来说，也足以看出天启皇帝对自己这位老师的信任和重用。
孙承宗虽是文官，但对军事颇有天赋，是大明难得的军政两面的杰出人才。到任后，孙承宗视察军情，了解当地情况，派人收集后金建奴的信息。
在军情方面，因为辽东连续战败，眼下熊廷弼和王化贞又押解京师被判处死刑，辽东各军士气低落，军中悲观情绪弥漫。
孙承宗到任没有过多责怪辽东军将，相反把他们招来见面好言安抚，并且告诉他们熊廷弼和王化贞的问题是他们的问题，不会牵连到其他人，让这些军将好好带兵，凡事有他做主，不要有任何顾虑。
在这样的安抚下，军将很快就打消的顾虑，再加上孙承宗来辽东的时候手里还带了学生天启皇帝特意拨给他的银子，有了银子许多事就好办多了。军中的欠饷发下去了大半，又补上了粮草等物，一来二去，孙承宗很快就赢得了军将们的认可，也借此掌控住了辽东军队。
此外孙承宗还有一个习惯，那就是他许多时候不喜欢呆在衙门里，反而习惯于穿着布衣下去视察。
无论是地方还是军中，孙承宗都是打扮的普普通通，许多时候还会和普通军士在一起拉家常，通过和他们聊天中得知许多不为人知的信息。再加上孙承宗平易近人，和善客气，许多军士在聊天过程中甚至不知道孙承宗的身份，等孙承宗走后，从其他人口中才得知刚才和自己聊天的老人居然是督师蓟辽的孙大人，心中不由得感动万分，更有了几分亲近。
解决辽东问题，政治是一方面，军事又是一方面。
孙承宗对于去了辽东如何做早就有了盘算，所以到了辽东后除在民政上处理问题外，军事方面更是额外重视。
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