同时，陆军部、海军部、军勤部不再由丞相直接负责，而是交给了枢密院，由枢密使成为协调他们关系的那个人。
其中军勤部全称军事辎重人事后勤部，军队的后勤辎重、人员考核与档案都将由这个部门负责。
而枢密副使，也将成为帝国皇帝、皇太子、丞相之下的第四把手。
等这个制度稳定下来后，枢密院下的海军、陆军、军勤三部文官都将通过另外的科举制度任免。
而这个科举制度，几年一开，每科取多少人，都将由皇帝独自决定，甚至是考试题目，都由皇帝亲自掌握。
当然，近卫军系统仍然不纳入枢密院乃至枢密院三部，所有的近卫十二军，超过十六万帝国最精锐的部队，仍然只听命于皇帝一个人。
此外，还有工部扩编为工商部。
教育系统，从国子监祭酒到各省提学，各府县教谕统统归于新成立的教育院管辖，教育院同时还要负责天下太学，以及促进科研。
礼部拆分为太常寺，掌仪制、祭祀、宗教、铸印、藏书。
鸿胪寺，掌握外交和接待。
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