十天之后，后龟山回到几成废墟的京都，与姜星火签订了《明日通商航海补充契约》。
第一条，日本承认大明为其唯一宗主国，后龟山取消逾制称号、礼仪、器物，一切行止只能以大明郡王标准自处。
第二条，割让佐渡国、石见国、萨摩国、大隅国、对马国、壹岐国、五岛、屋久岛、种子岛、甑岛等十六个藩国或岛屿。
第三条，按此前书面约定，缴纳明军助剿戡乱军费共两千三百万两白银，分九期缴清，如确实力有未逮，九期后未缴纳军费按每年百抽二十之息计算。
第四条，开放包括堺市等八个商港作为非武装通商口岸，用于明日之间自由友好通商。
第五条，大明商民在日本享有宗主国特惠权及司法豁免权，参照《明日自由贸易契约》之基础，大明商民涉嫌纠纷，日本方面无权进行审理。
第六条，为保护后龟山国王政权之稳定，明军受邀驻扎京都，所需军饷、物资一概由日方提供。
第七条.
严格来讲，《明日通商航海补充契约》属于之前大明与室町幕府签订的《明日自由贸易契约》的补充契约。
《明日自由贸易契约》里面有的一些基础条款考虑到已经算是一步到位，所以就不需要更改，但补充契约在某些方面，还是有较大改动的。
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