全知社的组织架构很复杂，分成对内和对外两套体系，对外经常有人说某人是全知社的社员，但实际上，可能这个人只是全知社“托儿所”层级的成员。
全知社的内部等级中，“托儿所”是最低的一个档位，严格来说并不是正式的全知社成员，只有他们通过了考验，成为了“守护者”阶层，才算是真正踏进了全知社的门槛。
托儿所、守护者、共济者、秘仪、至高，这是全知社成员的五大阶层。
在“托儿所”层级中，又分成见习、启蒙、次修，三个层次。
见习，就是刚刚进入全知社的成员，这部分人对全知社了解非常有限。
启蒙，是已经接受了全知社全套的启蒙教育，开始学习一些入门的教义，这部分人的人数是最多的，很多人出生后，就已经是启蒙的等级。
次修，就相当于仙侠里面的外门，这部分人会执行一些基础的任务，每个人都处在严格控制与考核之下，需要进一步证明自己，才能够进入“守护者”阶层，成为全知社的正式成员。
“守护者”阶层，是全知社的骨干成员，获得了最基本的信任，这个层级同样分成数个等级，从最低级的“学徒”，到最高级的“守门人”，都是守护者层级。
“共济者”基本上就能算得上典型的中层了，放在大企业中，基本能相当于某些城市的分公司总经理或大事业部下面的部门经理级别。
这个层级中，又分成“同伴”、“蓝色教士”、“大师”、“苏格拉骑士”等级别。
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