之后帝皇将双头鹰授予第三军团作为对他们的忠诚的嘉奖。
尽管第三军团声名显赫，但在收复月球和与火星签订契约后，第三军团遭到了灭顶之灾：大量的基因种子在运往月球的途中因不明原因丢失，而且之后人们发现地球上的第三军团基因种子库遭到了月球基因教派的残留分子的破坏和污染。
这一切，导致第三军团爆发了枯萎病，患病的士兵的器官开始出现萎缩化，并最终一一死去。
直到基因原体福根回归军团，这一可悲状况才被终止，但军团数量已经严重退化，必须在影月苍狼军团的庇佑下活动。
也正是因为这个原因，福根与他的兄长荷鲁斯建立了亲密无间的关系。
当荷鲁斯宣布叛乱时，福根便很快被诱惑参与其中，成为了最早一批叛乱的军团，他们首先在伊斯特万三号上对军团的忠诚派
进行了残酷的清洗，随后又在伊斯塔万五号上参与毁灭三个忠诚军团。
堕落的基因原体福根本人，更是在伊斯特万五号上犯下弑亲重罪，斩首了自己的好友和血亲兄弟，钢铁之手原体费鲁斯·马努斯。
堕落后的第三军团，很快整体投入到混沌邪神色孽的怀抱中，过去的帝皇之子有多么荣耀，那么现在的他们堕落就有多么深重，以至于很多同为叛军的军团，都耻与他们为伍。
在围攻泰拉的过程中，帝皇之子军团并未参与对皇宫的攻击，他们的目标对准了泰拉上数以百亿记的居民。
各种疯狂的行径在他们入侵的地区发生，当荷鲁斯被帝皇击败，叛军一溃千里时，帝皇之子却是最完整撤出地面的军团。
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